Oui, mais pas tout : votre intestin après les antibiotiques

Vous voulez savoir si la communauté qui vit dans votre intestin revient après une cure d'antibiotiques, et combien de temps lui laisser. Bonne question, et une question à laquelle on peut répondre : plusieurs équipes l'ont regardée se faire, échantillon après échantillon, et leurs chiffres sont plus intéressants que la panique ou que les propos rassurants que vous trouverez ailleurs.

Ce qu'une cure fait vraiment

L'image humaine la plus nette vient de Palleja et ses collègues, dans Nature Microbiology en 2018 ¹. Douze jeunes hommes en bonne santé ont pris pendant quatre jours un cocktail de trois antibiotiques de dernier recours — méropénème, gentamicine et vancomycine — et ont donné des échantillons de selles pendant les six mois suivants ¹. C'est délibérément un pire cas. Personne ne reçoit cette association pour un mal de gorge.

Ce qui s'est passé d'abord n'est pas un vide mais un rebattage des cartes. Les entérobactéries et d'autres pathobiontes ont proliféré, dont Enterococcus faecalis et Fusobacterium nucleatum, tandis que les espèces de Bifidobacterium et les producteurs de butyrate étaient appauvris ¹. Le butyrate est l'acide gras à chaîne courte que brûlent les cellules tapissant votre côlon ; perdre les organismes qui le fabriquent n'est pas un changement cosmétique.

Et cela va vite. Dans l'étude de dix mois de Dethlefsen et Relman, qui a suivi trois personnes à travers deux cures de ciprofloxacine, publiée dans PNAS ², la diversité a chuté et la composition de la communauté s'est déplacée en trois à quatre jours après le début du médicament ². Des jours, pas des semaines.

Combien de temps prend la récupération dans les études mesurées

Chaque durée ci-dessous appartient à une étude nommée, et aucune n'est une promesse pour vous.

Chez les hommes de Copenhague, la communauté était revenue près de sa composition de départ en 1,5 mois environ ¹. C'est la moitié encourageante. L'autre moitié, c'est que neuf espèces présentes chez chacun des douze hommes avant le traitement restaient indétectables chez la plupart d'entre eux au jour 180 ¹.

Dethlefsen et Relman ont vu la même forme, en plus fin. Environ une semaine après chaque cure de ciprofloxacine, les communautés commençaient à revenir vers leur état initial, mais ce retour était souvent incomplet ², et au bout des dix mois l'intestin de chaque personne s'était stabilisé sur une composition qui n'était pas celle du départ ².

La traîne est plus longue qu'on ne le croit. Jernberg et ses collègues ont suivi quatre personnes ayant reçu une cure de sept jours de clindamycine, à côté de quatre témoins non traités, sur neuf points de prélèvement en deux ans ³. La diversité clonale de leurs isolats de Bacteroides s'est effondrée, des clones résistants ont persisté, les gènes de résistance sont restés élevés dans l'ADN des selles, et la communauté de Bacteroides — un genre du phylum des Bacteroidota — n'est jamais revenue à sa composition d'origine dans cette fenêtre ³.

Des semaines pour le gros, des mois pour le détail, et pour certains membres plus longtemps que personne ne l'a encore observé.

Ce qui aide, et ce que les preuves ne soutiennent pas

Ici, la réponse honnête déçoit quiconque vend la solution.

Les probiotiques font une chose bien et une autre mal. Ce qu'ils font bien, c'est la diarrhée. Une revue Cochrane de Guo et ses collègues a réuni 33 essais randomisés chez l'enfant, 6 352 participants au total ⁵ : la diarrhée associée aux antibiotiques est survenue chez 8 % des enfants sous probiotiques contre 19 % sous témoin ⁵, soit neuf traités pour éviter un cas, et six quand la dose quotidienne atteignait au moins 5 milliards d'UFC (unités formant colonies) ⁵. Preuves de certitude modérée ⁵. La durée de la diarrhée a aussi été raccourcie de près d'une journée ⁵. C'est réel — et c'est un résultat sur un symptôme, pas une reconstruction.

Cela ne vaut pas non plus chez tout le monde. PLACIDE, un essai qui a randomisé 2 981 patients hospitalisés de 65 ans et plus — 2 941 dans l'analyse principale —, à qui l'on donnait une préparation multi-souches de lactobacilles et de bifidobactéries à 6 × 10¹⁰ organismes par jour pendant 21 jours, a trouvé une diarrhée associée aux antibiotiques chez 10,8 % sous préparation et 10,4 % sous placebo ⁶. Aucun bénéfice dans cette population.

Ce que les probiotiques font mal, c'est la reconstruction elle-même. Suez et ses collègues, dans Cell en 2018, sont allés au-delà des selles et ont prélevé la muqueuse intestinale par endoscopie après les antibiotiques ⁴. Comparé au simple fait d'attendre, un probiotique multi-souches a produit un retour nettement retardé et durablement incomplet du microbiote propre à la personne et de l'expression des gènes de son intestin ⁴. Une greffe fécale autologue — les selles de la personne elle-même, mises en réserve avant les antibiotiques et rendues ensuite — a amené une récupération rapide et presque complète en quelques jours ⁴. En boîte, des facteurs solubles sécrétés par les lactobacilles retenaient la communauté qui revenait ⁴.

Côté alimentation, le signal le plus fort vient de la souris, et je le dis comme tel. Ng et ses collègues, dans Cell Host & Microbe, ont trouvé qu'un régime pauvre en fibres aggravait l'effondrement et ralentissait la récupération, et que les animaux logés seuls récupéraient bien moins bien que ceux logés ensemble ⁷. L'écologie de la souris est une hypothèse pour vous, pas une consigne. Elle pointe dans le même sens que tout ce que l'on sait des fibres et des producteurs de butyrate, et manger des plantes ne fait courir aucun risque.

Ce que les preuves ne soutiennent pas : une date de récupération pour votre intestin, un complément dont on aurait mesuré qu'il restaure la communauté, ou un test de selles du commerce qui vous dirait quand c'est fini. Sur les 33 essais de cette revue Cochrane, un seul rapportait des caractéristiques du microbiote, et il n'a trouvé aucune différence ⁵.

Pourquoi votre récupération n'est pas celle de l'étude

Douze hommes. Trois personnes. Quatre personnes ¹²³. Voilà les effectifs humains ci-dessus, et l'écologie, à cette échelle, est personnelle. Dans les données de Dethlefsen et Relman, la variation entre les individus était la première source de différence entre les échantillons ² — devant le médicament.

Ce qui tombe, ce qui prolifère et ce qui revient dépend donc de la communauté avec laquelle vous êtes entré, du médicament, de la durée de la cure, de ce que vous mangez, et de choses que personne n'a encore mesurées. Deux personnes peuvent suivre les mêmes sept jours et arriver ailleurs.

Ce que j'en retiendrais

Finissez la cure qu'on vous a prescrite ; rien de ce qui précède n'est un argument pour laisser une infection à moitié traitée. Donnez ensuite à la communauté des mois plutôt que des jours, et nourrissez les membres que vous voulez revoir — des fibres pour les producteurs de butyrate, sur la foi des données de souris et du bon sens ⁷. Si votre problème est la diarrhée, les probiotiques ont des preuves pour ce problème-là ⁵, plus faibles chez les patients âgés hospitalisés ⁶. Et si quelqu'un propose de reconstruire votre microbiote selon un calendrier, demandez-lui quelle étude l'a mesuré. Jusqu'ici, celles qui l'ont mesuré ont trouvé la reconstruction plus lente et moins complète que la promesse.