Actinomycetota : protège les bébés et cause la tuberculose

Imaginez une réunion de famille où un cousin a passé le siècle dernier à aider les nouveau-nés à digérer le lait de leur mère, où un deuxième a fourni la plupart des antibiotiques de votre pharmacie, et où un troisième cause l'infection qui a tué environ 1,25 million de personnes en 2023 ¹⁰. Voilà Actinomycetota. Avant de décider si cet embranchement est un ami ou un ennemi, il vaut mieux savoir ce qu'est au juste un embranchement — et pourquoi la réponse est « les deux, selon le cousin ».

Ce que c'est

Actinomycetota est un embranchement — l'une des plus larges branches de l'arbre bactérien — de bactéries à Gram positif dont l'ADN est exceptionnellement riche en guanine et en cytosine, ce qui leur vaut chez les microbiologistes l'étiquette « à GC élevé ». La revue de référence de Barka et ses collègues, dans Microbiology and Molecular Biology Reviews, les décrit comme l'un des plus vastes embranchements bactériens, présent partout dans les sols et les eaux, avec de nombreux membres qui poussent en filaments ramifiés et ressemblent au microscope davantage à une moisissure qu'à un microbe ². C'est de cette allure de champignon que vient le nom : actino pour rayon, mykes pour champignon.

Ce qui rend cet embranchement intéressant, c'est la liste de ses membres. La revue de Barka y range des commensaux intestinaux (Bifidobacterium), des habitants du sol (Streptomyces, Micromonospora), des partenaires des plantes (Frankia) et des agents pathogènes — Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia, Propionibacterium, Tropheryma — tous sous le même toit ².

Deux noms, un seul embranchement

Jusqu'à récemment, le groupe s'appelait Actinobacteria, et vous verrez encore ce mot dans la plupart des articles, des rapports de séquençage et des étiquettes de probiotiques. En 2021, le Comité international de systématique des procaryotes a ajouté le rang d'embranchement au code officiel de nomenclature, et Oren et Garrity ont publié les noms formels de 42 embranchements, chacun rattaché à un genre type ¹. Celui-ci a été rattaché à Actinomyces, d'où Actinomycetota. La base NCBI Taxonomy le répertorie sous ce nom, avec Actinobacteria et Actinobacteriota comme synonymes. Rien n'a changé sur le plan biologique. Si une étude dit Actinobacteria, elle parle exactement de ce groupe.

Où il vit en vous

L'intestin. Chez l'adulte, Actinomycetota est l'un des quatre grands embranchements du microbiote intestinal — et pourtant, comme l'écrivent Binda et ses collègues dans leur revue de 2018, il « ne représente qu'un faible pourcentage » de la communauté tout en étant « déterminant pour le maintien de l'équilibre intestinal » ³. Peu nombreux, mais lourds de conséquences. Le genre qui porte cet effet est Bifidobacterium.

Chez le nourrisson, le tableau s'inverse. L'intestin du nouveau-né allaité est souvent dominé par les bifidobactéries, et le génome de Bifidobacterium longum subsp. infantis, séquencé par Sela et ses collègues en 2008, explique pourquoi : un groupe de 43 kb de gènes cataboliques, de protéines de liaison aux solutés et de perméases dont tout indique qu'ils agissent sur les oligosaccharides du lait — des sucres du lait maternel qui n'ont aucune valeur nutritive pour le nouveau-né lui-même ⁴. La mère fabrique un aliment que son enfant ne sait pas utiliser, pour une bactérie qui le sait. Ce n'est pas un hasard de l'évolution ; c'est une stratégie de recrutement.

La bouche. La Human Oral Microbiome Database, construite par Dewhirst et ses collègues, recense 619 taxons buccaux répartis dans 13 embranchements, dont Actinobacteria ⁸. Parmi ses membres buccaux figurent les Actinomyces, qui, comme le notent Valour et ses collègues, « colonisent normalement la bouche humaine ainsi que les voies digestives et génitales » sans causer le moindre ennui ⁹.

La peau. La revue de Grice et Segre dans Nature Reviews Microbiology décrit une colonisation de la peau gouvernée par l'écologie de chaque site — gras, humide ou sec — et relève que la plupart des habitants sont inoffensifs, voire utiles ⁶. Le résident cutané vedette de l'embranchement est Cutibacterium acnes, autrefois Propionibacterium acnes, dont Dréno et ses collègues disent qu'il est « impliqué dans le maintien d'une peau saine » ⁷. Retenez cette phrase.

Ce qu'il fait pour nous

Il nourrit une défense. La preuve de mécanisme la plus nette vient de Fukuda et ses collègues, dans Nature, en 2011 ⁵. Des souris colonisées par certaines souches de bifidobactéries ont survécu à une dose d'Escherichia coli O157:H7 autrement mortelle ⁵. La protection tenait à des gènes codant un transporteur de glucides à cassette liant l'ATP et, écrivent les auteurs, « au moins en partie », à l'acétate supplémentaire que ces souches produisaient ; le passage de la toxine Shiga de la bactérie, de la lumière intestinale vers le sang, s'en est trouvé bloqué ⁵. Un acide gras à chaîne courte, fabriqué à partir de sucre par un habitant de l'intestin, qui renforce la paroi intestinale. La réserve, dite tout haut : c'étaient des souris, et seules certaines souches portaient les gènes protecteurs. La souche compte plus que l'embranchement.

Il digère ce que vous ne pouvez pas digérer. La machinerie à sucres du lait de B. infantis ⁴ est le cas le mieux étudié d'une bactérie qui transforme un composant alimentaire indigeste en quelque chose dont l'hôte tire profit.

Il fabrique des médicaments — hors de vous. Environ les deux tiers des antibiotiques d'origine naturelle aujourd'hui utilisés en clinique viennent de cet embranchement, surtout des Streptomyces du sol, avec quantité de composés anticancéreux, antiparasitaires et antifongiques ². Soyons honnêtes : les fabricants de médicaments ne sont pas les bactéries qui vivent dans votre intestin. Même famille, autre quartier.

Il peut agir comme probiotique. La revue de Binda note que les bifidobactéries sont largement utilisées comme probiotiques et ont montré des « effets bénéfiques dans de nombreuses situations pathologiques » — puis ajoute, dans la même phrase, que « des études in vivo plus vastes sont nécessaires pour confirmer ces résultats encourageants » ³. Cette réserve, c'est l'état des preuves, et elle a sa place dans toute phrase honnête sur le sujet.

Ce qu'il fait contre nous

La tuberculose. Mycobacterium tuberculosis est un membre de cet embranchement. Le résumé, par l'agence coréenne de contrôle des maladies, du Rapport mondial sur la tuberculose 2024 de l'OMS pose les chiffres sans détour : environ 10,8 millions de personnes sont tombées malades de la tuberculose en 2023 et 1,25 million en sont mortes ; on estime qu'un quart de la population mondiale porte l'infection ; le traitement dure au minimum 6 mois ¹⁰. Le membre le plus connu de l'embranchement est aussi le plus meurtrier.

Diphtérie, nocardiose, maladie de Whipple. La liste des pathogènes de la revue de Barka — Corynebacterium, Nocardia, Tropheryma — se lit comme un chapitre de manuel de maladies infectieuses ².

L'acné — mais pas comme vous le croyez. Voici la partie qui va à contre-courant. Dréno et ses collègues rapportent que « la prolifération de P. acnes n'est pas le déclencheur de l'acné, car les patients qui en souffrent n'hébergent pas plus de P. acnes dans leurs follicules que les personnes normales ». C'est plutôt une perte de diversité microbienne cutanée, associée à une activation de l'immunité innée, qui semble entretenir la maladie ⁷. La bactérie est une habitante de tout le monde ; la maladie est un déséquilibre, pas une invasion.

L'actinomycose. Les mêmes Actinomyces qui se tiennent tranquilles dans votre bouche peuvent, rarement, causer une infection chronique qui forme des abcès — typiquement au visage et au cou après un foyer dentaire, ou dans les poumons de fumeurs à l'hygiène bucco-dentaire médiocre. La revue de Valour décrit 6 à 12 mois de pénicilline à forte dose comme la cure de référence et cite une meilleure hygiène dentaire comme mesure de prévention ⁹. Commensale par défaut, pathogène par occasion.

La réserve qui vaut pour tout le reste

Un embranchement est une catégorie grossière. Le Human Microbiome Project a constaté que même les personnes en bonne santé « diffèrent remarquablement » par les microbes qui occupent leur intestin, leur peau et leurs autres habitats ¹¹. Un compte rendu de selles qui annonce « Actinobacteria : bas » ou « haut » mélange en un seul chiffre les bifidobactéries, les Actinomyces et tout ce qu'il y a entre les deux, et rien n'indique que pousser ce chiffre dans un sens ou dans l'autre soit un objectif de santé. Les preuves qui existent se situent au niveau de l'espèce et de la souche — un Bifidobacterium précis portant un groupe de gènes précis, un jeu de gènes défini, chez un hôte précis, une personne précise. C'est de là que toute affirmation honnête doit partir.