Aliments fermentés : les microbes avalés ne font pas tout

Ouvrez un bocal de choucroute crue et vous ouvrez un écosystème. Mais ce qu'il y a dans le bocal et ce qui se passe en vous sont deux questions différentes, et une seule des deux a un essai randomisé derrière elle.

Ce qui est réellement vivant dans le bocal

Un aliment fermenté est un aliment obtenu par une croissance microbienne voulue et par des conversions enzymatiques de ses composants — la formule retenue par un panel d'experts réuni par l'Association scientifique internationale pour les probiotiques et les prébiotiques ². Voyez ce qu'elle ne dit pas : rien sur le fait que les microbes soient encore vivants quand l'aliment atteint votre bouche. Certains le sont. Beaucoup ne le sont pas.

Quand ils le sont, les nombres sont grands et irréguliers. Une revue des comptages publiés pour les aliments fermentés du commerce, par Rezac et ses collègues à l'Université du Nebraska, a trouvé des ferments de yaourt allant de moins de 10⁴ à 10⁹ UFC (unités formant colonies) par gramme ou par mL ³ ; du kimchi du commerce à 7,14–9,23 log UFC/g de bactéries lactiques ³ ; de la choucroute de 3,79 à 8,3 log UFC/g selon l'étude, le chiffre le plus haut venant d'un produit américain fait avec un ferment d'ensemencement ³ ; du kéfir fabriqué en Corée à partir de grains du commerce à 9,62 log UFC/g de bactéries lactiques, à côté de 7,67 log UFC/g de levures ³. Au sommet, l'ISAPP place jusqu'à 10¹¹ bactéries lactiques dans une portion de yaourt ou de kéfir vivants ².

Les quatre ne sont pas des variantes d'une même chose. Le yaourt est le plus étroit : deux organismes par définition, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus — un Lactobacillus — et Streptococcus thermophilus, l'association qu'exige le Codex Alimentarius ²⁵. Le kéfir est le plus large : la norme du Codex décrit un lait fermenté portant Lentilactobacillus kefiri avec des espèces de Leuconostoc, de Lactococcus et d'Acetobacter, plus des levures fermentant ou non le lactose ². Le kimchi et la choucroute sont d'ordinaire des fermentations sauvages — ce qui pousse est ce qui se trouvait sur le chou —, même si certaines choucroutes du commerce sont faites avec un ferment d'ensemencement, et c'est l'échantillon qui comptait le plus ³.

L'essai qui a mis un chiffre dessus

Wastyk, Fragiadakis et leurs collègues, à Stanford, ont mené une étude randomisée sur un protocole de 17 semaines — une intervention alimentaire de 10 semaines, précédée de trois semaines de référence et suivie de quatre semaines d'observation ¹ : 36 adultes globalement en bonne santé, 18 par bras ¹, sous régime riche en fibres ou riche en aliments fermentés. Une portion était définie comme 6 oz (environ 180 ml) de kombucha, de yaourt ou de kéfir, un quart de tasse de kimchi ou de choucroute, 2 oz (environ 60 ml) de boisson à la saumure de légumes ¹. Une montée progressive de quatre semaines menait à une cible de six portions par jour ¹, et le bras des aliments fermentés tenait en moyenne 6,3 ± 2,9 portions par jour à la fin du maintien ¹.

Deux choses se sont produites. La diversité alpha du microbiote intestinal a monté sur trois mesures — ASV observés, PD whole tree et Shannon ¹ — et est restée haute pendant les quatre semaines de libre choix qui suivaient ¹. Et 19 des 93 protéines inflammatoires du sang mesurées ont baissé, dont l'IL‑6, l'IL‑10 et l'IL‑12b ¹.

Le bras riche en fibres n'a fait ni l'un ni l'autre : la diversité n'a pas bougé à l'échelle du groupe ¹, et aucune des 19 cytokines qui ont baissé dans le bras fermenté n'a bougé dans le bras fibres ¹. Et la réserve, à voix haute, parce que l'article la dit : le critère principal de l'étude, un score de réponse des cytokines, n'était significatif dans aucun des deux bras ¹. Le résultat qui fait titre est ici un critère secondaire.

Pourquoi la diversité a monté alors que les microbes ne sont pas restés

Voici le résultat qui devrait changer votre façon de voir le bocal. L'équipe de Stanford a séquencé les aliments autant que les selles, en demandant si les nouveaux organismes trouvés dans l'intestin des gens étaient ceux qu'ils avaient mangés. La plupart du temps, non : le recouvrement entre les nouveaux ASV intestinaux et les ASV des aliments fermentés a culminé à 5,4 % en début d'intervention et, plus tard, n'était pas différent dans le bras fermenté de ce qu'il était dans le bras fibres ¹. Les auteurs concluent que la hausse de diversité ne venait pas d'abord des microbes consommés, mais de déplacements dans la communauté résidente, ou d'acquisitions nouvelles par celle-ci ¹.

Sur le plan du mécanisme, c'est l'histoire la plus intéressante. Un aliment fermenté n'est pas seulement des cellules ; c'est tout ce que ces cellules ont fabriqué pendant que le bocal attendait — acides organiques, peptides, sucres découpés —, qui arrive chaque jour dans un intestin dont les habitants répondent à cette chimie. Lequel de ces éléments fait le travail, personne ne l'a isolé. Ce que l'essai écarte, c'est l'image sur laquelle vit le marketing : on avale des bactéries, les bactéries s'installent, la diversité monte.

Ce que la pasteurisation retire

La moitié vivante, entièrement. Le panel de l'ISAPP est explicite : légumes fermentés chauffés ou pasteurisés, saucisse fermentée, sauce soja, vinaigre et certains kombuchas ne contiennent plus aucun micro-organisme vivant au moment où on les mange ². Le pain levé est cuit après la fermentation, ce qui tue les organismes net ; le vin et la plupart des bières passent par des étapes qui retirent les micro-organismes vivants ; les fèves de café et de cacao sont torréfiées ².

La choucroute de conserve et le bocal du rayon frais ne sont donc pas le même aliment de ce point de vue. Les deux ont été fermentés ; un seul est vivant. Ce que la fermentation a bâti dans le goût survit à la chaleur ; l'écologie, non.

Le seul bénéfice qui vient vraiment des cellules avalées

Une exception va dans l'autre sens. Les personnes qui ne digèrent pas le lactose le tolèrent dans le yaourt, et la raison, ce sont les bactéries avalées : leur lactase est protégée à l'intérieur des cellules, survit à l'estomac et travaille dans l'intestin grêle à mesure que le pH monte et que le transit ralentit ⁵. Les yaourts du commerce le font à peu près aussi bien parce qu'ils portent tous environ 10⁸ bactéries par mL ⁵. L'allégation de santé approuvée en Europe pour la digestion du lactose est rédigée autour des ferments vivants du yaourt ² ; chauffez le yaourt et les cellules s'en vont, et la lactase abritée en elles avec.

À quoi ressemble une semaine

Six portions par jour, c'est ce qui a été testé ¹, et c'est beaucoup. C'est aussi la seule quantité derrière laquelle il y a un essai contrôlé : prenez-la comme la dose testée, pas comme le minimum utile — l'essai n'avait pas de bras à dose plus faible ¹.

Une semaine qui y arrive : un pot de 6 oz (environ 180 ml) de yaourt vivant ou de kéfir au petit-déjeuner ¹, un quart de tasse de kimchi ou de choucroute au déjeuner et au dîner ¹, et quelque chose de fermenté à côté de deux autres repas. Alternez plutôt que de répéter : les quatre portent des organismes différents en nombres différents ²³, et l'essai donnait un mélange, pas un produit.

Le tableau d'observation est plus modeste. Taylor et ses collègues ont comparé les selles de 6 811 personnes de l'American Gut Project ⁴ et trouvé entre consommateurs et non-consommateurs des différences statistiquement significatives mais, selon leur propre mot, subtiles ⁴, avec un enrichissement en acide linoléique conjugué chez les consommateurs ⁴. Réel. Petit. Pas une preuve de cause.

Ce que cela ne vous dit pas

Cela ne vous dit pas que l'aliment fermenté soigne quoi que ce soit : 36 adultes en bonne santé sur un protocole de 17 semaines ¹, c'est une étude de mécanisme au critère principal manqué ¹. Cela ne vous dit pas qu'une gélule reproduit l'effet ; personne ne sait quelle part de l'aliment en est responsable. Et cela ne vous dit pas que votre bocal contient ce que contenaient les bocaux de l'étude — les comptages varient de plusieurs ordres de grandeur d'une marque et d'une date à l'autre ³.

Ce que cela vous dit tient assez court pour être emporté au magasin. Achetez froid, achetez vivant, mangez-en presque tous les jours, variez. Une consigne ennuyeuse posée sur un résultat intéressant : les bactéries que vous avalez comptent moins que ce qu'elles laissent derrière elles.