Lactobacillus : le microbe du yaourt vit peu dans l'intestin

Demandez à presque n'importe qui ce qu'est Lactobacillus et on vous répondra : « les bonnes bactéries du yaourt ». C'est vrai, et c'est aussi ce qu'il y a de moins intéressant chez elle. L'image complète : une famille de bactéries productrices d'acide lactique qui vit surtout sur les plantes et dans les aliments fermentés, occupe quelques recoins très précis du corps humain, et fait des choses très différentes selon le recoin qu'on regarde.

Ce que c'est

Lactobacillus est un genre de bactéries à Gram positif, en forme de bâtonnet, qui ne forment pas de spores et gagnent leur vie en fermentant les sucres en acide lactique ¹. Cet acide, c'est toute l'histoire du genre. Il transforme le lait en yaourt et le chou en choucroute, et il abaisse le pH de tout endroit où ces bactéries se rassemblent en nombre suffisant pour compter. Chaque avantage et chaque inconvénient qui suivent remontent à cette seule habitude chimique.

Où elle vit dans le corps

Voici la première surprise. Le genre que nous associons à la « santé intestinale » est un locataire mineur de l'intestin humain. Dans la revue de Jens Walter parue en 2008 dans Applied and Environmental Microbiology, les lactobacilles sont cultivés à partir des selles à une moyenne d'environ 10⁶ cellules par gramme — environ 0,01 % du compte total — et ne sont pas du tout détectables dans près de 25 % des échantillons de selles humaines ². Dans l'estomac et l'intestin grêle, ils restent sous 10⁴ par millilitre, et la plupart sont de passage depuis la bouche ou la nourriture plutôt qu'installés ². Une étude métagénomique de 2016 menée par Rossi et ses collègues a suivi un adulte en bonne santé pendant presque 2 ans et a bien trouvé une petite communauté persistante — 58 espèces détectées sur trois échantillons de selles, et 43 souches présentes soit dans les trois, soit dans deux échantillons séparés de 670 ou 700 jours — donc « mineur » ne veut pas dire « absent » ¹⁰. Le résumé honnête : quelques vraies résidentes, beaucoup de touristes.

Le vagin est le cas contraire. Dans l'enquête de Ravel et ses collègues parue en 2011 sur 396 femmes nord-américaines sans symptômes, les communautés bactériennes se rangeaient en cinq types, et quatre d'entre eux étaient chacun dominés par une seule espèce de Lactobacillus — L. iners, L. crispatus, L. gasseri ou L. jensenii ³. Le pH vaginal moyen allait de 4,2 à 5,0 dans les quatre groupes ethniques étudiés ³. Cette acidité, c'est Lactobacillus au travail, et c'est le milieu dans lequel la plupart des pathogènes vaginaux ont du mal.

La bouche est la troisième adresse, et la moins flatteuse. La revue de Caufield parue en 2015 dans le Journal of Dental Research soutient que les lactobacilles sont des colonisateurs opportunistes qui ont besoin de trois choses — un recoin stagnant et pauvre en oxygène, un pH bas et du sucre en continu — et que seuls trois sites du corps les fournissent toutes de façon fiable : les lésions de carie, l'estomac et le vagin ⁴. Dans la bouche, cela veut dire qu'on trouve les lactobacilles à l'intérieur des caries et qu'ils sont largement absents chez les enfants sans carie ⁴.

La scission de 2020 : un genre en est devenu 25

En mars 2020, le genre comptait 261 espèces ¹, si diverses par le génome et le mode de vie que les mettre dans le même sac ne voulait plus rien dire. Zheng et ses collègues ont reclassé le groupe, par comparaison de génomes entiers, en 25 genres : un Lactobacillus amendé et plus étroit, plus 23 genres nouvellement nommés ¹. Les espèces qui ont gardé le nom sont les espèces adaptées à l'hôte — L. acidophilus, L. crispatus, L. gasseri, L. jensenii, L. iners et L. delbrueckii, celle du yaourt. Des noms de probiotiques familiers ont déménagé : L. rhamnosus est devenue Lacticaseibacillus rhamnosus, L. casei est devenue Lacticaseibacillus casei, L. plantarum est devenue Lactiplantibacillus plantarum, L. reuteri est devenue Limosilactobacillus reuteri ¹. Les auteurs ont conservé le mot courant « lactobacilles » pour tout ce qu'on appelait Lactobacillus avant 2020 ¹, si bien que les étiquettes et les articles d'avant la scission ne sont pas faux — seulement plus anciens. Sur ce site, le nouveau nom vient en premier et l'ancien est donné comme synonyme.

Ce qu'elle fait pour nous

Le bénéfice le mieux étayé est la prévention de la diarrhée pendant un traitement antibiotique. La revue Cochrane de 2019 par Guo et ses collègues a regroupé 33 essais randomisés chez 6 352 enfants et a trouvé une diarrhée chez 8 % de ceux qui recevaient des probiotiques contre 19 % des témoins ⁵. Cela revient à un cas évité pour 9 enfants traités, sur des preuves de certitude modérée ⁵. La réserve, dite tout haut : les essais employaient des organismes très différents — Lactobacillus rhamnosus, Saccharomyces boulardii et d'autres —, si bien qu'il s'agit d'une preuve pour la catégorie, pas de la preuve d'un flacon en particulier ⁵.

Le mécanisme de l'acide lactique porte les autres bénéfices plausibles. Baisser le pH rend la vie dure aux concurrents sensibles à l'acide, et c'est l'explication retenue pour que les communautés vaginales dominées par Lactobacillus aillent avec des scores de Nugent bas, la mesure de laboratoire qui sert à diagnostiquer la vaginose bactérienne ³. Dans l'alimentation, ce même acide explique que le lait fermenté se conserve. Ce sont des mécanismes avec un appui observationnel ; ce n'est pas la même chose qu'un traitement prouvé par essai.

Ce qu'elle fait contre nous

Voici la partie que les étiquettes de compléments sautent. Le même tour de main — coloniser un recoin riche en sucre et y déverser de l'acide — est exactement ce qui dissout l'émail des dents. Les lactobacilles ne sont pas les bactéries qui déclenchent une carie, mais une fois qu'elle existe, ils s'y installent et la creusent ⁴.

Deuxièmement, Lactobacillus peut passer dans le sang. Cannon et ses collègues ont passé en revue plus de 200 cas publiés d'infection à Lactobacillus, surtout des endocardites et des bactériémies, et ont trouvé une mortalité globale de près de 30 %, les décès se concentrant dans les infections polymicrobiennes et dans les bactériémies insuffisamment traitées ⁷. Est-ce rare ? En Finlande, où Lactobacillus rhamnosus GG est vendu depuis 1990, Salminen et ses collègues ont trouvé des lactobacilles dans 0,02 % de toutes les hémocultures, soit une incidence de 0,3 cas pour 100 000 habitants et par an entre 1995 et 2000, sans aucune hausse alors que l'usage des probiotiques montait ⁸. Pour une personne en bonne santé, c'est proche de zéro. Pour les patients les plus graves, non : en 2019, Yelin et ses collègues ont montré, par séquençage de génomes entiers, que les lactobacilles présents dans le sang de patients de réanimation étaient génétiquement indissociables des gélules de probiotique qu'on leur avait données ⁹. Un probiotique pour un patient de réanimation porteur d'un cathéter central est une décision médicale, pas une décision de bien-être.

Troisièmement, le bénéfice ne se transporte pas d'un problème à l'autre. Quand Schnadower et ses collègues ont donné à 971 enfants d'âge préscolaire atteints de gastro-entérite aiguë soit 5 jours de Lactobacillus rhamnosus GG, soit un placebo, dans 10 services d'urgences américains, une maladie modérée à sévère est survenue chez 11,8 % du groupe probiotique et 12,6 % du groupe placebo — aucune différence ⁶. Même organisme, autre maladie, aucun effet.

Comment lire l'étiquette aujourd'hui

Le nom de la souche compte plus que celui du genre. Lactobacillus et ses nouveaux genres frères couvrent des organismes qui vivent dans le chou, le fromage, les caries dentaires et le vagin ; ce que fait l'un d'eux est une propriété de la souche et du lieu, pas du nom de famille. Cherchez l'espèce et le code de la souche, cherchez un essai de cette souche pour votre problème, et traitez « contient Lactobacillus » comme vous traiteriez « contient un mammifère ».