Bacillota (eski Firmicutes): «şişmanlatan» bakteriler değil

Bir dışkı testiniz hiç çubuk grafikle geri döndüyse, en uzun çubuğun üstünde büyük olasılıkla Firmicutes yazıyordu. Rapor size bunun «kilo almaya programlı» olduğunuz anlamına geldiğini söylemiş olabilir. İşte çalışmaların o çubuk hakkında ve artık yeni bir adla anılan bu şube hakkında gerçekten söyledikleri.

Bacillota nedir

Bacillota bir bakteri şubesidir: bakteri soy ağacının en üst dallarından biri, hayvanlar arasında «kordalılar»ın durduğu basamağın aynısı. Üyelerinin çoğunda kalın, tek katmanlı bir hücre duvarı vardır (Gram pozitif boyanırlar) — Gram negatif boyanan Negativicutes bilinen istisnadır — ve genomları DNA harflerinden G ile C bakımından görece yoksuldur; eski ders kitaplarının onlara «düşük G+C'li Gram pozitifler» demesinin nedeni budur.

Ad yeni. Onlarca yıl boyunca şubenin adı, Latincede «sert deri» anlamına gelen Firmicutes'ti. 2021'de ¹ Prokaryotların Sistematiği Uluslararası Komitesi şube basamağını adlandırma kodunun kapsamına aldı ve Oren ile Garrity, her biri bir tip cins üzerine kurulu 42 şube için standart adları geçerli biçimde yayımladı ¹. Firmicutes, tip cins Bacillus üzerine kurulan yeni adıyla Bacillota oldu. Canlılarla ilgili hiçbir şey değişmedi; yalnızca etiket değişti. Eski adla neredeyse her tüketici testinde ve değişiklikten önce yazılmış her makalede karşılaşmaya devam edeceksiniz, bu yüzden bu giriş ikisini de kullanıyor.

Sizde nerede yaşadığı

Çoğunlukla kalın bağırsakta. Stanford'dan Eckburg ve arkadaşları 2005'te ² sağlıklı yetişkinlerin kolon mukozasından ve dışkısından 13.355 ² ribozomal gen dizisini dizilediğinde, iki baskın şube Firmicutes ile Bacteroidetes'ti ve dizilerin çoğu kimsenin laboratuvarda üretmediği türlere aitti ². Bu tablo ayakta kaldı. Sağlıklı yetişkinlerden birçok vücut bölgesinden örnek alan İnsan Mikrobiyomu Projesi, sağlıklı insanların bile taşıdıkları mikroplar bakımından şaşırtıcı ölçüde farklı olduğunu ve her bölgeden ötekine güçlü bir niş uzmanlaşması bulunduğunu gösterdi ³. MetaHIT kataloğu ölçeğe sayı koydu: 124 ⁴ Avrupalının dışkısında insan gen sayısının kabaca 150 katı ⁴ olan 3,3 milyon ⁴ farklı mikrobiyal gen ve her bir kişide en az 160 ⁴ yaygın bakteri türü.

Bacillota bağırsakta da bitmiyor. Bu şubeye ait laktobasiller, Ravel ve arkadaşlarının şikâyeti olmayan 396 ⁸ kadının vajinal mikrobiyomunu dizilediklerinde buldukları beş ⁸ topluluk tipinin dördüne egemendi. Bir başka üye olan Staphylococcus aureus ise esas olarak burunda yaşar: Wertheim'in The Lancet Infectious Diseases dergisindeki derlemesi burnu, bu bakterinin insandaki başlıca ekolojik nişi diye adlandırır ¹³.

Bizim için ne yaptığı

Mekanizmadan başlayalım, çünkü yarar ondan doğuyor. Lif ve dirençli nişasta kalın bağırsağa sindirilmeden ulaşır. Bağırsak bakterileri onları kısa zincirli yağ asitlerine fermente eder ve bunlardan ikisi, bütirat ile propiyonat, Louis ile Flint'in derlemesinin bir dizi sağlık işlevini yakıştırdığı asitlerdir; bütirat, kolonu döşeyen hücrelerin tercih ettiği yakıttır ⁵. Tanımladıkları başlıca bütirat üreticileri — Faecalibacterium prausnitzii, Eubacterium rectale ve Roseburia grubu — hepsi Bacillota'dandır ve karşılıklı beslenmeye bağımlıdırlar: bir türün laktatı ya da süksinatı bir başkasının ham maddesi olur ⁵.

Bu üreticilerin en iyi incelenmiş olanının kendi kanıtı var. Sokol ve arkadaşları, ameliyatla bağırsak parçası alınan Crohn hastalığı hastalarını izledi ve bağırsak mukozasındaki F. prausnitzii payının düşük olmasının, 6 ay ⁶ sonraki nüksü öngördüğünü buldu. Laboratuvarda bu bakteri, insan kan hücrelerinin belirgin biçimde daha az IL‑12 ile IFN-gama, daha çok IL‑10 üretmesini sağladı ve kültür üst sıvısı, merkezî bir iltihap düğmesi olan NF-kappaB etkinleşmesini engelledi ⁶. Çekince, açıkça söylenmeli: o çalışmanın tedavi kolu insanlar değil, kimyasal olarak kolit oluşturulmuş farelerdi. Akla yatkın bir mekanizmayı gösterir, kanıtlanmış bir tedaviyi değil.

Bir de hayatta kalma numarası var. Sanger Enstitüsü'nden Browne ve arkadaşları, sağlıklı insan dışkısından üretilemez diye bir kenara yazılmış 137 ⁷ türü üretmeyi başardı ve genomları, bağırsak bakteri cinslerinin en az %50–60'ının ⁷ dayanıklı sporlar yaptığını düşündürdü. Bu spor yapıcıların çoğu Bacillota'dandır. Sporlar, oksijenden nefret eden bağırsak bakterilerinin bir kişiden ötekine yolculuğu atlatmasını sağlar; bu topluluğun büyük bölümünün paylaşılıyor olmasının nedeni de büyük olasılıkla budur ⁷.

Bize karşı ne yaptığı

Aynı şube, taşıdığımız en ciddi patojenlerden bazılarını da barındırır. Clostridioides difficile, antibiyotikler rakiplerini temizledikten sonra kolonu ele geçiren, spor yapan bir Bacillota üyesidir. ABD'nin 10 ¹² bölgesinde yürütülen etkin izlemede Lessa ve arkadaşları yalnızca 2011'de ¹² tahminen 453.000 ¹² enfeksiyon ve yaklaşık 29.000 ¹² ölüm hesapladı; vakaların %65,8'i ¹² sağlık hizmetiyle ilişkiliydi ve 65 ¹² yaş ve üzerindekilerin hızı, daha genç yetişkinlere kıyasla 8,65 ¹² kat yüksekti. Staphylococcus aureus ise günlük hayattan öbür örnektir: Wertheim'in derlemesi, burunda taşıyıcı olanların kendi suşlarıyla enfeksiyona ilerleme riskinin daha yüksek olduğunu ve bu patojenin artan antibiyotik direncinin tedaviyi dünya genelinde zorlaştırdığını belirtir ¹³.

Bu ikisinin, yukarıdaki yararlı üyelerle neyi paylaştığına dikkat edin: spor, kalın duvar, kalıcılık. Bacillota'yı dayanıklı bir müttefik yapan özellikler, patojenlerini de temizlemesi güç kılar.

Obezite oranı, dürüstçe

Şimdi çubuk grafiğe gelelim. 2006'da ⁹ Ley, Turnbaugh, Klein ve Gordon, Nature dergisinde 12 ⁹ obez gönüllünün zayıf insanlara göre daha düşük bir Bacteroidetes payı taşıdığını ve bu payın, iki ⁹ düşük kalorili diyetle kilo verdikçe yükseldiğini bildirdi. Eşlik eden fare çalışması, «obez» bir mikrobiyomun yiyecekten daha çok enerji çıkardığını ve bu özelliğin mikropsuz farelere aktarıldığını buldu ¹⁰. Bu makalelerden yola çıkarak Firmicutes/Bacteroidetes oranı, popüler kültüre şişman-zayıf düğmesi olarak girdi.

O günden beriki kanıtlar ise uyum göstermedi. Magne ve arkadaşları 2020'de ¹¹ alanyazını taradı ve çalışmalar arasındaki sonuçları çelişkili buldu; farklar, vücut ağırlığıyla olduğu kadar örnek işleme biçimi, dizileme yöntemi ve yeterince tanımlanmamış yaşam tarzıyla da kolayca açıklanabiliyordu. Kendi ifadeleriyle vardıkları sonuç: oranı belirli bir sağlık durumuyla ilişkilendirmek, özellikle de onu obezitenin bir işareti saymak şu an güçtür ¹¹. Yani bir test raporundaki yüksek Bacillota çubuğu tanı değildir. Hem kolon mukozanızın çalıştığı bütirat üreticilerini hem de hastanenizin endişelendiği patojenleri barındıran bir şubenin anlık görüntüsüdür ve çubuk, bunlardan hangisine sahip olduğunuzu söyleyemez.