Proteobacteria (Pseudomonadota): las «malas» de un intestino sano

Una generación de manuales las llamó Proteobacteria. Luego cambió el nombre, y esas mismas bacterias son ahora Pseudomonadota. En los organismos no se movió nada, pero el cambio de nombre es una buena excusa para mirar lo que, a mi juicio, es una de las ideas más útiles de la ciencia del intestino. Este no es un grupo que puedas ordenar en bueno o malo. Es un grupo que se lee como un nivel. Cuánto llevas dice mucho más que el hecho de llevarlo.

Qué es, en una frase

Pseudomonadota es un filo muy grande de bacterias gramnegativas —una de las ramas más anchas del árbol de la vida bacteriana— entre cuyos miembros están Escherichia coli, Salmonella, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Neisseria, Haemophilus y los rizobios fijadores de nitrógeno que viven en las raíces del frijol y del chícharo.

Quédate con lo grueso que es ese rango. Un filo no es una familia y no se parece en nada a una especie. Dos bacterias archivadas bajo el mismo filo pueden ganarse la vida de maneras completamente distintas, en lugares completamente distintos. Ese solo dato desactiva casi todo lo que se lee sobre este grupo en internet.

Por qué cambió el nombre

Durante décadas «Proteobacteria» se usó en todas partes sin haberse publicado nunca de forma válida bajo el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas: el código sencillamente no cubría el rango de filo. Cuando el Comité Internacional de Sistemática de Procariotas votó incluir ese rango, hubo que reconstruir los nombres sobre un género tipo. Oren y Garrity publicaron descripciones formales de 42 filos para dar validez a sus nombres, y este, levantado sobre el género Pseudomonas, pasó a llamarse Pseudomonadota ¹.

La salvedad, dicha en voz alta: eso es contabilidad, no biología. No cambió ni una sola propiedad de estas bacterias. Los dos nombres se refieren a los mismos organismos, y durante años te encontrarás con ambos en la literatura.

Dónde vive en el cuerpo

Donde haya una superficie húmeda es probable que haya algo de este filo encima. El estudio del Human Microbiome Project en adultos sanos dejó clara una idea general: incluso las personas sanas se diferencian notablemente entre sí en qué microbios ocupan su intestino, su piel y otros hábitats; no existe una única comunidad normal con la que compararte ⁹.

En el intestino grueso de un adulto sano el filo está presente, pero es minoritario. Esa fue la observación de partida de la revisión de 2015 en Trends in Biotechnology de Shin, Whon y Bae: la flora intestinal humana normal contiene solo una pequeña proporción de él ². Para hacerte una idea de la escala, una cohorte de colonoscopia publicada en Hepatology en 2023 lo midió sobre la propia mucosa intestinal y lo encontró hasta en el 8 % en controles sanos, hasta en el 11 % en personas con colangitis esclerosante primaria y hasta en el 19 % en quienes habían recibido un trasplante de hígado ⁴. Trátalos como las lecturas de biopsia de una cohorte, no como un rango de referencia: las abundancias relativas se mueven con el punto de muestreo y con el método de secuenciación.

En la lengua se asientan Neisseria y Haemophilus ⁵. Y en los primeros días después del nacimiento, antes de que el colon se convierta en el lugar sin aire que será el resto de tu vida, los anaerobios facultativos como las enterobacterias suelen ser los que mandan ¹⁰.

Qué hace a favor nuestro

Fija nitrógeno. Los rizobios —miembros de las alfaproteobacterias y las betaproteobacterias— viven como bacterias libres en el suelo, luego infectan las raíces de las leguminosas y se convierten en bacteroides fijadores de nitrógeno, que sacan el nitrógeno del aire y lo dejan en una forma que la planta puede usar ⁶. Esa es una química sobre la que se apoya toda la cadena alimentaria, y pertenece a este filo.

Ayuda a fijar tu presión arterial. El nitrato de las verduras se traga, vuelve a segregarse en la saliva y las bacterias reductoras de nitrato del fondo de la lengua lo reducen a nitrito. La revisión de IJMS nombra a Veillonella, Actinomyces, Haemophilus y Neisseria como las más abundantes de esas reductoras; solo las dos últimas pertenecen a este filo. El nitrito alimenta después la vía nitrato-nitrito-óxido nítrico, y la misma revisión señala que el enjuague bucal de clorhexidina y la limpieza de la lengua pueden apagar ese efecto de bajada de la presión ⁵. Aquí la salvedad importa: eso es una revisión de asociaciones, no un ensayo que te diga que dejes un enjuague bucal que te recetó tu dentista.

Puede entregar el intestino del recién nacido. La explicación habitual de por qué los lactantes pasan de los anaerobios facultativos a Bifidobacterium es que los primeros colonizadores consumen el oxígeno que queda en el colon y lo vuelven habitable para los anaerobios estrictos. Un trabajo de 2022 en mSystems construyó un modelo metabólico y encontró que las diferencias de oxígeno dentro del colon bastaban por sí solas para reproducir la variación que se ve entre lactantes ¹⁰. Ten claro qué es eso: un modelo computacional que comprueba si una hipótesis se sostiene, no un estudio clínico.

Qué hace en contra nuestra

El mismo filo aporta una parte notable de los organismos que llevan a la gente al hospital, aunque el nombre más famoso de la lista antigua se haya ido discretamente. Helicobacter pylori se enseñó durante décadas como una proteobacteria, pero la rama épsilon en la que se sitúa ha sido elevada a filo propio: NCBI Taxonomy archiva Helicobacter en Campylobacterota, no en Pseudomonadota. El metaanálisis que lo situó en unos 4,4 mil millones de personas en todo el mundo en 2015, con una prevalencia agrupada que iba del 70,1 % en África al 24,4 % en Oceanía, es por tanto una medida del filo de al lado ⁷. Conviene decirlo en voz alta, porque la mayoría de las páginas sobre este grupo lo siguen contando dentro.

Y en la estimación global de carga de enfermedad de 2019 publicada en The Lancet se calcularon 4,95 millones de muertes asociadas a la resistencia bacteriana a los antimicrobianos y 1,27 millones atribuibles a ella. De los seis patógenos que encabezan las muertes asociadas a resistencia, cuatro —Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii y Pseudomonas aeruginosa— son Pseudomonadota ⁸. Son estimaciones modeladas, con intervalos de incertidumbre amplios, cosa que los autores dicen sin rodeos.

El mecanismo: es el oxígeno

Aquí está la parte que merece recordarse. Shin y sus colegas propusieron que una prevalencia aumentada de este filo es una posible firma diagnóstica de disbiosis y de riesgo de enfermedad ². Litvak y sus colegas expusieron después el mecanismo: la mucosa del colon sano es hipóxica, lo que mantiene anaerobia la luz intestinal y favorece a los anaerobios obligados. La inflamación o un tratamiento con antibióticos suben la oxigenación en esa mucosa, y los anaerobios facultativos de este filo —que pueden respirar oxígeno cuando sus vecinos no pueden— florecen aprovechando la diferencia ³.

Es una afirmación comprobable, y ya se comprobó. En un estudio de 2021 en mBio, una colitis inducida químicamente (con sulfato de dextrano sódico) en ratones provocó la pérdida de la hipoxia epitelial y una expansión de E. coli dependiente de la respiración; el ácido 5-aminosalicílico restauró la hipoxia y frenó la expansión, pero no en ratones cuya mucosa intestinal carecía del receptor PPAR-γ a través del cual actúa el fármaco ¹¹. Ratones, y un medicamento que ya se usa en la colitis ulcerosa. Demuestra que el mecanismo es real en ese modelo. No es motivo para que nadie tome mesalazina para remodelar su microbioma.

Lo que esto no significa

Si una prueba comercial de microbiota intestinal te devuelve un porcentaje elevado de Pseudomonadota, eso no es un diagnóstico. No hay ningún umbral validado que separe lo sano de lo enfermo, el número se mueve con el método de muestreo y —si el mecanismo del oxígeno es correcto— el florecimiento va por detrás de una mucosa intestinal alterada, no por delante de ella ³. La lectura es el detector de humo, no el fuego.

El resumen honesto es el menos dramático. Este filo alimenta cultivos, fabrica nitrito en tu boca, prepara el colon de un recién nacido y aporta también algunos de los patógenos más peligrosos con los que trata la medicina. La presencia es normal. Es la línea de tendencia la que lleva información, y la pregunta útil es siempre qué le pasó a la mucosa intestinal para que el nivel haya podido subir.