Pseudomonadota: as bactérias «ruins» do intestino saudável

Uma geração de livros didáticos as chamou de Proteobacteria. Depois o nome mudou, e as mesmas bactérias agora são Pseudomonadota. Nada nos organismos se mexeu — mas a troca de nome é uma boa desculpa para olhar aquela que, a meu ver, é uma das ideias mais úteis da ciência do intestino. Este não é um grupo que dê para separar entre bom e mau. É um grupo que se lê como nível. Quanto dele você carrega diz muito mais do que o fato de carregar.

O que é, em uma frase

Pseudomonadota é um filo muito grande de bactérias gram-negativas — um dos ramos mais largos da árvore genealógica bacteriana — cujos membros incluem Escherichia coli, Salmonella, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Neisseria, Haemophilus e os rizóbios fixadores de nitrogênio que vivem na raiz do feijão e da ervilha.

Guarde bem o quanto essa categoria é grosseira. Um filo não é uma família e não tem nada a ver com uma espécie. Duas bactérias arquivadas no mesmo filo podem ganhar a vida de maneiras completamente diferentes, em lugares completamente diferentes. Esse único fato desarma quase tudo o que você lê sobre este grupo na internet.

Por que o nome mudou

Durante décadas «Proteobacteria» foi usado em todo lugar e nunca tinha sido validamente publicado pelo Código Internacional de Nomenclatura de Procariotos — o código simplesmente não cobria a categoria de filo. Assim que o Comitê Internacional de Sistemática de Procariotos votou por incluir essa categoria, os nomes tiveram de ser refeitos sobre um gênero-tipo. Oren e Garrity publicaram descrições formais para 42 filos, para dar posição válida aos seus nomes, e este, construído sobre o gênero Pseudomonas, virou Pseudomonadota ¹.

A ressalva, dita em voz alta: isso é escrituração, não biologia. Nenhuma propriedade dessas bactérias mudou. Os dois nomes se referem aos mesmos organismos, e você vai encontrar os dois na literatura por muitos anos.

Onde ele vive no corpo

Onde houver uma superfície úmida, é provável que parte deste filo esteja lá. O levantamento do Projeto Microbioma Humano com adultos saudáveis deixou claro o ponto geral: até pessoas saudáveis diferem enormemente umas das outras em quais micróbios ocupam o intestino, a pele e os demais habitats — não existe uma única comunidade normal com a qual você possa se comparar ⁹.

No intestino grosso de um adulto saudável, o filo está presente, mas é menor. Essa foi a observação de partida da revisão de 2015 na Trends in Biotechnology, de Shin, Whon e Bae: a flora intestinal humana natural normalmente contém só uma proporção pequena dele ². Para dar noção de escala, uma coorte de colonoscopia publicada na Hepatology em 2023 mediu o filo na própria mucosa intestinal e o encontrou em até 8 % nos controles saudáveis, até 11 % em pessoas com colangite esclerosante primária e até 19 % nas que tinham recebido um transplante de fígado ⁴. Trate esses números como as leituras de biópsia de uma coorte, não como faixa de referência — as abundâncias relativas mudam com o local da amostra e com o método de sequenciamento.

Na língua ficam Neisseria e Haemophilus ⁵. E nos primeiros dias depois do nascimento, antes de o cólon virar o lugar sem ar que será pelo resto da sua vida, os anaeróbios facultativos como as Enterobacteriaceae costumam ser os que mandam ¹⁰.

O que ele faz por nós

Fixa nitrogênio. Os rizóbios — membros das Alphaproteobacteria e das Betaproteobacteria — vivem como bactérias livres no solo, depois infectam raízes de leguminosas e se transformam em bacteroides fixadores de nitrogênio, puxando o nitrogênio do ar para uma forma que a planta consegue usar ⁶. Essa é uma química na qual a cadeia alimentar inteira se apoia, e ela pertence a este filo.

Ajuda a ajustar a sua pressão arterial. O nitrato dos vegetais é engolido, devolvido à saliva e reduzido a nitrito por bactérias redutoras de nitrato no fundo da língua. A revisão no IJMS nomeia Veillonella, Actinomyces, Haemophilus e Neisseria como as mais abundantes dessas redutoras — só as duas últimas pertencem a este filo. O nitrito então alimenta a via nitrato–nitrito–óxido nítrico, e a mesma revisão observa que enxaguante bucal com clorexidina e limpeza da língua podem enfraquecer esse efeito de baixar a pressão ⁵. A ressalva importa aqui: isso é uma revisão de associações, não um ensaio mandando você parar um enxaguante que o seu dentista receitou.

Talvez entregue o intestino do recém-nascido. A explicação padrão para os bebês passarem dos anaeróbios facultativos para Bifidobacterium é que os colonizadores iniciais consomem o oxigênio que sobra no cólon e o tornam habitável para anaeróbios estritos. Um artigo de 2022 na mSystems construiu um modelo metabólico e descobriu que só as diferenças de oxigênio dentro do cólon já reproduziriam a variação vista entre bebês ¹⁰. Fique claro sobre o que isso é: um modelo computacional testando se uma hipótese se sustenta, não um estudo clínico.

O que ele faz contra nós

O mesmo filo fornece uma fatia notável dos organismos que levam gente para o hospital — embora o nome mais famoso da lista antiga tenha saído dela discretamente. Helicobacter pylori foi ensinado por décadas como uma proteobactéria, mas o ramo épsilon em que ele fica foi elevado a filo próprio: a Taxonomia do NCBI arquiva Helicobacter em Campylobacterota, não em Pseudomonadota. A metanálise que o colocou, em 2015, numa estimativa de 4,4 bilhões de pessoas no mundo, com prevalência agrupada indo de 70,1 % na África a 24,4 % na Oceania, é portanto uma medida do filo vizinho ⁷. Vale dizer em voz alta, porque a maioria das páginas sobre este grupo ainda o conta aqui dentro.

E na estimativa global de carga de 2019 publicada na The Lancet, houve uma estimativa de 4,95 milhões de mortes associadas à resistência antimicrobiana bacteriana e 1,27 milhão atribuíveis a ela. Dos seis patógenos que lideram as mortes associadas à resistência, quatro — Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii e Pseudomonas aeruginosa — são Pseudomonadota ⁸. São estimativas de modelo com intervalos de incerteza largos, coisa que os próprios autores dizem sem rodeios.

O mecanismo: é o oxigênio

Aqui está a parte que vale guardar. Shin e colegas propuseram que uma prevalência aumentada deste filo é uma assinatura diagnóstica possível de disbiose e de risco de doença ². Litvak e colegas então apresentaram o mecanismo: a mucosa de um cólon saudável é hipóxica, o que mantém a luz do intestino anaeróbia e favorece os anaeróbios obrigatórios. Inflamação ou um ciclo de antibióticos aumenta a oxigenação junto a essa mucosa, e os anaeróbios facultativos deste filo — que conseguem respirar oxigênio quando os vizinhos não conseguem — proliferam em cima da diferença ³.

Essa é uma afirmação testável, e ela foi testada. Num estudo de 2021 na mBio, a colite induzida quimicamente (sulfato de dextrana sódica) em camundongos causou perda da hipóxia do epitélio e uma expansão de E. coli dependente de respiração; o ácido 5-aminossalicílico restaurou a hipóxia e conteve a expansão — mas não em camundongos cuja mucosa intestinal não tinha o receptor PPAR-γ pelo qual o remédio age ¹¹. Camundongos, e um remédio que já existe para colite ulcerativa. Isso mostra que o mecanismo é real naquele modelo. Não é motivo para ninguém tomar mesalazina para remodelar um microbioma.

O que isso não quer dizer

Se um teste de intestino vendido ao consumidor lhe entregar uma porcentagem alta de Pseudomonadota, isso não é um diagnóstico. Nenhum limiar validado separa saudável de doente, o número se mexe com o método de coleta e — se o mecanismo do oxigênio estiver certo — a proliferação fica depois de uma mucosa intestinal perturbada, não antes dela ³. A leitura é o detector de fumaça, não o incêndio.

O resumo honesto é o menos dramático. Este filo alimenta lavouras, faz nitrito na sua boca, prepara o cólon de um recém-nascido e também fornece alguns dos patógenos mais perigosos com que a medicina lida. A presença é normal. É a linha de tendência que carrega informação — e a pergunta útil é sempre o que aconteceu com a mucosa intestinal para deixar o nível subir.