Bifidobacterium kendiliğinden iyi bir bakteri değildir

Birinden bir bakteri adı söylemesini isteyin, E. coli duyarsınız ya da Salmonella ya da bir zamanlar tavuk etiketinde okuduğu bir şey. İlk gelen bakterinin adını neredeyse kimse söylemez. Anne sütüyle beslenen bir bebekte, doğumdan sonraki günler içinde Bifidobacterium adlı bir cins kalın bağırsağı öyle eksiksiz ele geçirir ki orada yaşayan bakterilerin %90'ından fazlasını oluşturabilir ¹.

Bunun üzerinde durmaya değer. Tek bir cins, tek bir organ, hayatın tek bir penceresi — ve başka hiçbir bağırsak mikrobunun ulaşamadığı bir nüfus payı. O hâlde onu bir ilacı ele alır gibi ele alalım: ne olduğu, nerede olduğu, kanıtların bizim için ne yaptığını söylediği ve — pazarlamadan genellikle düşen kısım — bize karşı ne yaptığı.

Gerçekte ne olduğu

Bifidobacterium, yüksek G+C'li, Gram pozitif, anaerop bakterilerden oluşan, çatallı — «bifid» — hücre biçimine sahip bir cinstir; şekerleri bifid şant üzerinden asetat ile laktata fermente eder (mol glikoz başına kabaca 1,5 mol asetat ve 1 mol laktat) ve başlıca memelilerin ve öteki hayvanların bağırsak mikrobiyotasında yaşar; B. asteroides grubu böceklere, B. pullorum grubu ise kuşlara özgüdür ¹².

Bu cümledeki iki sözcük işin çoğunu yapıyor. Anaerop: hava bu canlılar için bir sorundur; kolonun derinliklerinde gelişmelerinin ve onları vücut dışında canlı tutmanın bir slogan değil bir üretim sorunu olmasının nedeni budur. Bifid: ad, çatallı anlamına gelen bifidus'tan gelir — Tissier'in 1900'de anne sütüyle beslenen bebeklerin dışkısında bulduğu hücrelerin çatallı biçimi, onlara Bacillus bifidus adını kazandırdı ¹.

Vücutta nerede yaşadığı

Ana adres kalın bağırsaktır. Tek adres değildir. Bifidobakteriler, hayvan bağırsağıyla doğrudan ya da dolaylı bağlantılı bir dizi nişte bulunur — insan kolonu, insan ağız boşluğu, böcek bağırsağı, hatta lağım suyu ². Ağızdaki bulgu bir ayrıntı değil; ona geri döneceğiz, çünkü cinsin baştan sona dostane olmayı bıraktığı yer orasıdır.

Bizim için ne yaptığı

Üç mekanizma, her birinin arkasında bir çalışma.

Bizim yiyemediğimizi yer. İnsan sütü oligosakkaritleri anne sütünün en bol üçüncü katı bileşenidir ve insan yenidoğanı bunları besin olarak hiç özümseyemez ³. Bebek maması değildirler. Mikrop yiyeceğidirler ve anne onları yine de üretir. Bifidobakteriler — her şeyden önce Bifidobacterium longum subsp. infantis — bu şekerleri sökecek enzimleri taşır; anne sütünün, bu cinsin geliştiği, rakiplerinin ise geride kaldığı bir ortam kurmasının nedeni budur ⁴. Evrim, süte sindirilemeyen bir şekeri kazara koymadı.

Asetat yapar ve asetat bağırsak duvarını savunur. Bu, alanın en temiz mekanizma sonucudur. Fukuda ve arkadaşları, gnotobiyotik fareler ve enterohemorajik E. coli O157:H7'nin ölümcül enfeksiyon modeliyle çalışarak bazı bifidobakteri suşlarının hayvanları ölümden koruduğunu, korumanın artan asetat üretimiyle birlikte gittiğini ve Shiga toksininin bağırsak boşluğundan kana geçişinin engellendiğini gösterdi ⁵. Çekinceyi yüksek sesle söyleyelim: fareler, tek bir patojen, belirli suşlar. Bir mekanizmanın işleyebileceğini gösterir. Yoğurdunuzun bunu yaptığını göstermez.

Metabolitleri üzerinden bağışıklık sistemiyle konuşur. Düz laktoz yerine insan sütü oligosakkaritleriyle beslenen B. infantis, bir triptofan metaboliti olan indol‑3-laktik asitten belirgin biçimde daha çok üretir; 1–10 mM aralığında bu bileşik, bir makrofaj hücre dizisinde LPS ile sürüklenen NF-κB etkinleşmesini yatıştırdı ve bağırsak epitel hücre dizilerinde TNF-α ile LPS'nin tetiklediği interlökin‑8 artışını azalttı ⁶. Yine — hücre kültürü, insan değil. Ama bir molekülün adını koyuyor, ki bu «bağışıklığı destekler» diyen iddiaların çoğunun başaramadığı bir şey.

Bize karşı ne yaptığı

Dürüst bir ansiklopedi girişinin bir etiketten ayrıldığı yer burası.

Bir tür çürük yapıcıdır. Bifidobacterium dentium diş çürüğünden izole edildi ve Bd1 genomunun dizilenmesi — 2.143 öngörülen açık okuma çerçevesiyle 2.636.368 baz çiftlik tek bir halkasal kromozom — tam olarak o hayata uyarlanmaları ortaya çıkardı: asit toleransı, dokuya tutunma ve insan tükürüğündeki bileşiklerin metabolizması ⁹. Yazarların verilerinin gösterdiği şeyi anlatmak için kullandıkları ifade ruhuyla alıntılanmaya değer: bir kommensal ile bir fırsatçı arasındaki sınır dardır.

Probiyotik suşlar kan dolaşımına girebilir. Canlı B. longum içeren bir probiyotik alan, doğum ağırlığı çok düşük üç erken doğmuş bebekte bu canlıyla bakteriyemi gelişti ve biyokimyasal, kütle spektrometrik ve moleküler analiz, kandaki izolatlarla kapsüldeki suşun aynı olduğunu gösterdi ¹¹. Bu varsayımsal bir risk değil; suşun izi sürüldü. Ne sıklıkta? Çok suşlu probiyotikleri on yıldan uzun süredir kullanan bir yenidoğan yoğun bakım biriminde, maruz kalan 2.109 bebek arasında üründeki bir canlıyla 12 bakteriyemi vakası görüldü — %0,6 — ve hiçbiri bir ölüme bağlanmadı ¹⁰. Küçük, gerçek ve kırılgan bir nüfusla sınırlı.

Yarar, pazarlamanın söylediğinden çok daha az geneldir. PiPS çalışması 1.315 çok erken doğan bebeği B. breve BBG‑001'e ya da plaseboya randomize etti ⁷. Nekrotizan enterokolit probiyotik grubunun %9'unda, plasebo grubunun %10'unda görüldü (düzeltilmiş risk oranı 0,93) ve sepsis ile ölümde de belirgin bir fark yoktu ⁷. Ayrıca 11.231 erken doğan bebeği kapsayan 51 randomize çalışma, hepsi bir torbaya konmak yerine suş suş incelendiğinde, incelenen 25 probiyotik tedavisinden yalnızca 3'ü ölümü belirgin biçimde azalttı ⁸. Her suşu tek bir orman grafiğine toplamak cinse iltifat eder. Ayırmak etmez.

Ad, eskisi ve yenisi

Cins, Bifidobacterium Orla-Jensen 1924'tür; tip türü Bifidobacterium bifidum ilk kez 1900'de Tissier tarafından tanımlanmış ve Orla-Jensen tarafından yeni cinse aktarılmıştır ¹⁴. Cins adının kendisi o günden beri sabit kaldı.

Değişen, onun üstündeki adres. Onlarca yıl Actinobacteria olarak yayımlanan şube, 42 prokaryot şubesinin bir seferde resmen adlandırıldığı 2021'de Actinomycetota adıyla geçerli biçimde yayımlandı ¹³ — ve NCBI Taxonomy'nin Bifidobacterium için bugün gösterdiği soy, Actinomycetota'dır. Cinsin içinde de taksonomi kımıldadı: bifidobakteri sınıflandırmasını yeniden değerlendirmek ve eski tek belirteçli tekniklerle yapılmış görünür yanlış sınıflandırmaları saptamak için tüm genom filogenomik yöntemleri kullanıldı ¹². Eski bir metin buna bir Actinobacteria canlısı diyorsa, biyoloji konusunda yanılmıyordur — yalnızca güncel ad konusunda.

Akılda kalması gereken

Bifidobacterium, insan mikrobiyomunda işaret edebileceğiniz en açık ortak evrim örneğidir — birbirini zaman içinde biçimlendiren iki tür: bir anne, bebeğinin henüz tanışmadığı bir mikrop için, kendisinin kullanamayacağı bir şeker üretiyor. Bu kadarı sağlamdır. Sağlam olmayan, bu cins önemlidir'den bu ürün işe yarar'a atlamaktır — çünkü çalışmalardaki yarar, belirli insanlarda, belirli dozlarda, belirli suşlara aittir. Cins ailedir; suş ise onun adı konmuş tek bir üyesidir ve bir gruba yardım eden üye, bir başkasında denenmiş olan üye değildir. Bir etiket suşu değil de cinsi yazıyorsa, size kazandığı bir sonucu değil, ödünç aldığı bir biyolojiyi anlatıyordur.