Bifidobacterium n'est pas d'office une bonne bactérie

Demandez à quelqu'un de nommer une bactérie et vous entendrez E. coli, ou Salmonella, ou un nom lu un jour sur une étiquette de poulet. Presque personne ne nomme celle qui arrive la première. Dans les jours qui suivent la naissance, chez un bébé allaité, un genre appelé Bifidobacterium prend le gros intestin si complètement qu'il peut représenter plus de 90 % des bactéries qui y vivent ¹.

Cela vaut qu'on s'y arrête. Un genre, un organe, une fenêtre de la vie — et une part de la population qu'aucun autre microbe intestinal n'atteint. Démontons-le donc comme nous démonterions un médicament : ce que c'est, où c'est, ce que les preuves lui font faire pour nous et — la partie qui a tendance à tomber du discours commercial — ce qu'il fait contre nous.

Ce que c'est vraiment

Bifidobacterium est un genre de bactéries à Gram positif, riches en G+C, anaérobies, à la cellule bifurquée — « bifide » —, qui fermentent les sucres par la dérivation bifide en acétate et en lactate (environ 1,5 mol d'acétate et 1 mol de lactate par mole de glucose) et vivent surtout dans le microbiote intestinal des mammifères et d'autres animaux, le groupe B. asteroides étant typique des insectes et le groupe B. pullorum des oiseaux ¹².

Deux mots de cette phrase font l'essentiel du travail. Anaérobies : l'air est un problème pour ces organismes, ce qui explique qu'ils prospèrent dans les profondeurs du côlon et que les garder vivants hors du corps soit un problème industriel plutôt qu'un slogan. Bifide : le nom vient de bifidus, fourchu — c'est la forme bifurquée des cellules que Tissier a trouvées dans les selles de bébés allaités en 1900 qui leur a valu le nom de Bacillus bifidus ¹.

Où elle vit dans le corps

Le gros intestin est l'adresse principale. Ce n'est pas la seule. On trouve des bifidobactéries dans toute une gamme de niches reliées, directement ou non, à l'intestin animal — le côlon humain, la cavité buccale humaine, l'intestin des insectes, et jusqu'aux eaux usées ². La trouvaille buccale n'est pas une anecdote ; nous y reviendrons, car c'est là que le genre cesse d'être uniformément amical.

Ce qu'elle fait pour nous

Trois mécanismes, chacun avec une étude attachée.

Elle mange ce que nous ne pouvons pas manger. Les oligosaccharides du lait maternel en sont le troisième composant solide le plus abondant, et le nouveau-né humain ne peut pas du tout les utiliser comme nutriments ³. Ce n'est pas de la nourriture pour bébé. C'est de la nourriture pour microbe, et la mère la fabrique quand même. Les bifidobactéries — Bifidobacterium longum subsp. infantis avant tout — portent les enzymes capables de démonter ces sucres, et c'est pourquoi le lait maternel bâtit un milieu où ce genre s'épanouit tandis que ses concurrents sont distancés ⁴. L'évolution n'a pas mis un sucre indigeste dans le lait par hasard.

Elle fabrique de l'acétate, et l'acétate défend la paroi intestinale. C'est le résultat de mécanisme le plus propre du domaine. En travaillant sur des souris gnotobiotiques et un modèle d'infection mortelle par E. coli O157:H7 entérohémorragique, Fukuda et ses collègues ont montré que certaines souches de bifidobactéries protégeaient les animaux de la mort, que cette protection allait de pair avec une production accrue d'acétate, et que le passage de la toxine Shiga de la lumière intestinale vers le sang était bloqué ⁵. Notez la réserve tout haut : des souris, un pathogène, des souches précises. Cela montre qu'un mécanisme peut fonctionner. Cela ne montre pas que votre yaourt le fait.

Elle parle au système immunitaire par ses métabolites. Nourrie d'oligosaccharides du lait maternel plutôt que de lactose ordinaire, B. infantis fabrique nettement plus d'acide indole‑3-lactique, un métabolite du tryptophane ; entre 1 et 10 mM, ce composé a atténué l'activation de NF-κB provoquée par le LPS dans une lignée de macrophages et réduit la hausse d'interleukine‑8 induite par le TNF-α et le LPS dans des lignées de cellules épithéliales intestinales ⁶. Là encore — de la culture cellulaire, pas des humains. Mais cela nomme une molécule, ce que la plupart des promesses de « soutien de l'immunité » ne font jamais.

Ce qu'elle fait contre nous

C'est ici qu'une fiche d'encyclopédie honnête se sépare d'une étiquette.

Une espèce est cariogène. Bifidobacterium dentium a été isolée de caries dentaires, et le séquençage de son génome Bd1 — un chromosome circulaire unique de 2 636 368 paires de bases avec 2 143 cadres de lecture ouverts prédits — a révélé des adaptations à exactement cette vie : tolérance à l'acide, adhésion aux tissus et métabolisme de composés de la salive humaine ⁹. Ce que leurs données montrent mérite d'être repris dans l'esprit des auteurs : la frontière entre une commensale et une opportuniste est étroite.

Des souches probiotiques peuvent passer dans le sang. Trois prématurés de très petit poids sous un probiotique contenant du B. longum viable ont fait une bactériémie à cet organisme, et des analyses biochimiques, par spectrométrie de masse et moléculaires ont montré que les isolats sanguins et la souche de la gélule étaient les mêmes ¹¹. Ce n'est pas un risque hypothétique ; la souche a été retrouvée. À quelle fréquence ? Dans un service de réanimation néonatale utilisant des probiotiques multisouches depuis plus de dix ans, 12 cas de bactériémie à un organisme du produit sont survenus parmi 2 109 nourrissons exposés — 0,6 % — et aucun décès n'a été attribué à l'un d'eux ¹⁰. Petit, réel, et confiné à une population fragile.

Le bénéfice est bien moins général que le discours commercial. L'essai PiPS a réparti au hasard 1 315 grands prématurés entre B. breve BBG‑001 et un placebo ⁷. Une entérocolite nécrosante est survenue chez 9 % du groupe probiotique et 10 % du groupe placebo (rapport de risque ajusté 0,93), sans différence significative non plus sur le sepsis ou les décès ⁷. Et quand 51 essais randomisés couvrant 11 231 prématurés ont été analysés souche par souche plutôt qu'en bloc, seuls 3 des 25 traitements probiotiques étudiés réduisaient significativement la mortalité ⁸. Verser toutes les souches dans un seul graphique en forêt flatte le genre. Le démonter, non.

Le nom, ancien et nouveau

Le genre est Bifidobacterium Orla-Jensen 1924 ; son espèce type, Bifidobacterium bifidum, a d'abord été décrite par Tissier en 1900, puis transférée dans le nouveau genre par Orla-Jensen ¹⁴. Le nom de genre lui-même est stable depuis.

Ce qui a changé, c'est l'adresse au-dessus. L'embranchement publié pendant des décennies sous le nom d'Actinobacteria a été validement publié sous celui d'Actinomycetota en 2021, quand 42 embranchements de procaryotes ont été officiellement nommés d'un coup ¹³ — et Actinomycetota est la lignée que NCBI Taxonomy affiche désormais pour Bifidobacterium. À l'intérieur du genre, la taxinomie a aussi bougé : des méthodes phylogénomiques sur génome entier ont servi à réexaminer le classement des bifidobactéries et à repérer des classements manifestement erronés issus de techniques anciennes à un seul marqueur ¹². Si un texte plus ancien en fait un organisme d'Actinobacteria, il ne se trompe pas sur la biologie — seulement sur le nom actuel.

Ce qu'il faut retenir

Bifidobacterium est, dans le microbiome humain, le cas de coévolution le plus net qu'on puisse montrer du doigt — deux espèces qui se façonnent l'une l'autre au fil du temps : une mère fabrique un sucre dont elle ne peut rien faire, pour un microbe que son bébé n'a pas encore rencontré. Cela, c'est solide. Ce qui ne l'est pas, c'est le saut de ce genre compte à ce produit marche — parce que, dans les essais, le bénéfice appartient à des souches précises, chez des personnes précises, à des doses précises. Un genre, c'est la famille ; une souche, c'est un membre nommé de cette famille, et le membre qui aide un groupe n'est pas celui qui a été testé dans un autre. Quand une étiquette nomme un genre et pas une souche, elle vous parle d'une biologie qu'elle a empruntée, pas d'un résultat qu'elle a obtenu.