E. coli bağırsak sakininiz, sadece zehirlenme mikrobu değil

«E. coli» deyin, çoğu kişinin aklına toplatılan bir paket ıspanak gelir. Bu refleks anlaşılırdır ve büyük ölçüde yanlıştır. Haber manşetindeki canlıyla kolonunuzdaki canlı aynı türdür — ve kolonunuzdaki büyük olasılıkla yıllardır orada, sessizce duruyordur.

Ne olduğu

Escherichia coli, birincil yaşam alanı omurgalıların bağırsağı olan ve orada konağıyla ortak yaşayan, Enterobacteriaceae ailesinden Gram negatif, çubuk biçimli, fakültatif anaerop bir bakteridir ¹.

«Fakültatif anaerop» ifadesini aklınızda tutun. Canlının, ortada oksijen varsa onu soluyabildiği, yoksa fermente edebildiği anlamına gelir. E. coli'nin sizin için yaptığı hemen her şey ve size yaptığı hemen her şey bu esneklikten doğar.

Vücutta nerede yaşadığı

Başlıca kalın bağırsakta — ve ara sıra uğrayan bir konuk değil. Martinson ile Walk'un EcoSal Plus dergisindeki 2020 tarihli derlemesinde E. coli, insanların %90'ından fazlasının bağırsak mikrobiyomuna aittir ². Yazarların kendi serisinde — sekiz sağlıklı yetişkin, 6 ay ile 2 yıl arasında iki haftada bir dışkı veriyor, her örnekten 95 koloni seçiliyor — değerlendirilen 32.470 izolatın %87'si E. coli'ydi ². Sekiz kişi, tür genelinde bir iddia için ince bir temeldir, bu yüzden sıkı tutmayın; ama gittiği yere kadar, «bağırsaktaki Enterobacteriaceae» dediğimizde çoğunlukla E. coli diyoruz demektir.

Sayılar muazzam ölçüde değişiyor. Aynı derlemenin aktardığı başka bir seride — McBurney ve arkadaşları iki sağlıklı yetişkinden bir yıl boyunca ayda bir örnek aldı — dışkıdaki Enterobacteriaceae gram başına 10² ile 10⁹ KOB (koloni oluşturan birim) arasında değişti ²; zaman içinde izlenen yalnızca iki kişide yedi büyüklük mertebesine yayılan bir aralık. En yüksek uçta bile bu bir azınlık nüfusudur; kolona zorunlu anaeroplar egemendir. «Neredeyse evrensel» ile «bol» iki ayrı iddiadır ve yalnızca birincisi tutar.

İşte insanları şaşırtan kısım. Yüz farklı E. coli taşımıyorsunuz. Genellikle aynı anda yalnızca bir ya da iki serotip bulunur ² — aylarca kalan uzun ömürlü sakinler ve günler ya da haftalar içinde gelip geçen geçiciler ². Sizin E. coli'niz gerçek anlamda sizindir.

Bağırsağın dışında E. coli, işi olmayan yerlerde de karşımıza çıkar: mesane ve üretra, kan dolaşımı, bir yenidoğanın beyin zarları. Aynı tür, yanlış adres. Aşağıdaki zarar bölümünün çoğu bu yer değiştirmedir.

Ad, eskisi ve yenisi

Çocuk hekimi Theodor Escherich canlıyı bebek dışkısında buldu ve ilk tanımını yaptı. Ama resmî adlandırmanın taşıdığı ad, Onaylı Listelerdeki bazyonim olan Bacillus coli Migula 1895'tir; Castellani ile Chalmers bunu 1919'da, Escherich'in adını taşıyan Escherichia cinsine taşıdı. Tür adı o günden beri sabittir; yakın zamanda kımıldayan, onun üstündeki adrestir. Uzun süre Proteobacteria denen şube artık Pseudomonadota olarak geçerli biçimde yayımlanmıştır; adları 2021'de resmen kurulan 42 prokaryot şubesinden biridir ¹². Bundan önce yazılan makaleler aynı grup için eski sözcüğü kullanır.

Altta daha tuhaf bir adlandırma sorunu var. Klinik mikrobiyolojide hâlâ dört türlü kendi cinsi olarak taşınan Shigella, genetik olarak ayrı bir canlı değildir. Lan ile Reeves, Shigella soylarının Escherichia coli türünün içinde durduğunu, aynı virülans plazmidini edindikten sonra birbirinden bağımsız ortaya çıktıklarını gösterdi ¹¹. Klinik etiket pratik nedenlerle yaşıyor. Soy ağacı onu desteklemiyor.

Bizim için ne yaptığı

İki madde ve ikisinde de dikkatli olmak istiyorum.

Aerop nişi tutar. E. coli, omurgalı bağırsağının başlıca aerop canlısıdır ve orada konağıyla ortak yaşam sürer ¹. Buna genellikle iliştirilen mekanizma — bağırsak duvarından sızan oksijen izlerini tüketerek kolonu herkes için anaerop tutmaya yardım ettiği — fizyolojisinden çıkan, akla yatkın ve çok yinelenen bir çıkarımdır. Açıkça söyleyeyim: insanlarda bu yararı gösteren bir insan çalışması bulamadım. Bunu kanıtlanmış bir etki değil, bir mekanizma sayın.

K2 vitamini üretir. E. coli, K vitamininin bakteri biçimi olan menakinonun sentez yolağını taşır ⁴. Buradaki çekince küçük değil: kalın bağırsakta menakinon yapmakla ondan kullanılabilir miktarda emmek ayrı sorulardır ve ikincisi, takviye tanıtımlarının düşündürdüğünden çok daha belirsizdir.

Ve bir suşun arkasında gerçek bir çalışma var. E. coli Nissle 1917 ruhsatlı bir probiyotiktir. Kruis ve arkadaşlarının Gut dergisindeki 2004 tarihli çalışmasında, remisyondaki 327 ülseratif kolit hastası 12 ay boyunca ya Nissle 1917'ye (n = 162) ya da standart mesalazine (n = 165) randomize edildi; protokole uygun analizde nüks, probiyotik grubunun %36,4'ünde (110'un 40'ı) ve mesalazin grubunun %33,9'unda (112'nin 38'i) görüldü — denk etkinlik ³. İki çekince, ikisi de önemli. Bu, yerleşik bir ilaçla denkliktir, plaseboyla karşılaştırma değil. Ve tek bir hastalıkta tek bir suşla ilgili kanıttır; kendi kolonunuzdaki E. coli hakkında size hiçbir şey söylemez.

Bize karşı ne yaptığı

Şimdi defterin öbür yüzü ve ağır bir yüz.

Önce ölçek. 33 bakteri patojenini ele alan Küresel Hastalık Yükü analizinde, 2019'da tahminen 7,7 milyon ölüm bu bakterilerle ilişkiliydi — dünyadaki bütün ölümlerin %13,6'sı ⁵. Aralarında E. coli'nin de olduğu beş patojen bu toplamın %54,9'unu oluşturdu ⁵. Direnç tarafında tablo daha da keskin: 2019'da bakteriyel antimikrobiyal dirençle ilişkili tahminî 4,95 milyon ölümde E. coli başlıca patojendi ⁶.

İdrar yolu enfeksiyonu, bunun gündelik yüzüdür. Foxman'ın derlemesi Amerika Birleşik Devletleri'nde yılda neredeyse 7 milyon muayene, 1 milyon acil servis başvurusu ve 100.000 hastaneye yatış saydı; kadınların neredeyse 3'te 1'i 24 yaşına gelene kadar antibiyotik gerektiren bir enfeksiyon geçirmişti ¹⁰. Bunların çoğu, bağırsaktan birkaç santimetre yol almış E. coli'dir.

Shiga toksinli suşlar gıda zehirlenmesi yapanlardır. 2011'deki Alman E. coli O104:H4 salgını acı bir doğal deney sundu: 3.816 bildirilen vaka, 54 ölüm ve bir böbrek ile kan komplikasyonu olan hemolitik üremik sendrom 845 hastada, yani toplamın %22'sinde ⁸. Bu hastalık için alışılmadık biçimde, hemolitik üremik sendrom geliştirenlerin çoğu yetişkindi — %88'i, ortanca yaş 42 — ve bunların %68'i kadındı ⁸. Kaynağın izi filizlere kadar sürüldü; restorana gidenler arasında filiz servis edilenlerin hastalanma göreli riski 14,2'ydi ⁹.

Ve tedavi tuzağı. Wong ve arkadaşlarının O157:H7 ishali olan 71 çocuk üzerindeki ileriye dönük çalışmasında 10 çocukta hemolitik üremik sendrom gelişti ve antibiyotik tedavisi bunun gelişmesi için 14,3'lük bir göreli risk taşıyordu (%95 GA 2,9 ile 70,7) ⁷. Açıkça söyleyelim: 71 çocuk küçük bir çalışmadır ve o güven aralığı devasadır. Ama yön, toksin salınımı hakkında bildiklerimizle tutarlıdır ve kanlı ishalde «bir antibiyotik al gitsin» sezgisinin neden yanlış olduğunu açıklar.

İki olgu bir arada nasıl tutulur

E. coli, biyolojinin en iyi incelenmiş canlısı ve yeryüzündeki en ölümcül bakterilerden biridir; aynı zamanda sağlıklı insanların sessiz, neredeyse evrensel bir sakinidir. İkisi de doğrudur ve çözüm «bağışıklık sisteminize bağlı» değildir. Çözüm şudur: tür, geniş bir genetik yelpazedir. Soylarının, yani aile çizgilerinin çoğu kommensaldir: bağırsakta yaşarlar, gelip geçenle beslenirler, konağa zarar vermezler ve tam olarak o hayat için kurulmuşlardır. Azınlıkta kalan bir bölümü toksin, istila ya da idrar yolu tutunma genleri taşır — dokuyu zehirlemenin, hücrelerin içine girmenin ya da bir mesane duvarına yapışmanın donanımı — ve başka bir yerde patojene, yani hastalık yapıcıya dönüşenler onlardır ^{1 11}. Makul sonuç, içinizdeki canlıdan korkmak değildir. Birkaç akrabasının, ait olmadıkları bir yere vardıklarında neler yapabileceğine saygı duymaktır.