Faecalibacterium prausnitzii: el microbio que le teme al aire

La mayoría de las bacterias se hacen famosas por lo que le hacen a la gente. Esta se hizo famosa por desaparecer.

En 2008, un equipo dirigido por Harry Sokol miró la mucosa intestinal de personas con enfermedad de Crohn en el momento de la cirugía, y otra vez seis meses después ¹. Una especie destacaba por su ausencia. Donde había menos de ella en la mucosa ileal extirpada, la recaída endoscópica a los 6 meses era más probable ¹. El organismo era Faecalibacterium prausnitzii, y no es un pasajero exótico. En un adulto sano es una de las bacterias más comunes del cuerpo.

Qué es, en una frase

Faecalibacterium prausnitzii es una bacteria anaerobia estricta, inmóvil y productora de butirato del intestino grueso humano: una residente normal, no un patógeno, y una de las especies más abundantes de un intestino adulto sano ²³.

Dónde vive

En el colon, y básicamente en ningún otro lugar de nosotros. Se aísla de las heces humanas, y la descripción de 2002 que le dio su nombre actual la llamó uno de los colonizadores más abundantes del colon humano ³. Una revisión de 2013 le puso cifra: más del 5 % de la población bacteriana total de la microbiota intestinal del adulto sano ².

Dos detalles de su dieta explican mucho de ella. Es anaerobia estricta: el oxígeno no es simplemente poco útil para ella, es su final. Y necesita acetato en su medio de cultivo ³. El acetato es un producto de desecho de otras bacterias intestinales. Así que este organismo se sitúa aguas abajo de sus vecinas, comiendo lo que ellas desechan, en el único lugar del cuerpo donde no hay oxígeno y sí un suministro constante de sobras.

Qué hace por nosotros

Fabrica butirato. Suena a nota química menor hasta que preguntas para qué sirve el butirato.

En 2011, Dallas Donohoe y sus colegas compararon ratones libres de gérmenes con ratones normales y descubrieron que los colonocitos —las células que recubren el colon— usan como fuente principal de energía el butirato producido por las bacterias ⁵. Los colonocitos libres de gérmenes estaban en un estado de privación energética: menos fosforilación oxidativa, menos ATP y la autofagia encendida. Agregar butirato rescató su respiración mitocondrial y detuvo la autofagia, y lo hizo actuando como combustible y no como inhibidor de una enzima ⁵.

Así que una productora de butirato no es una vaga «bacteria buena». Es la proveedora de un tejido concreto que dejó su propia comida en manos ajenas.

Hay un segundo trabajo, y aquí la evidencia es más interesante que el eslogan. El grupo de Sokol no solo contó la especie: la puso a prueba. Estimular células mononucleares de sangre periférica humana con F. prausnitzii produjo bastante menos IL‑12 e IFN-γ y más IL‑10, un perfil más calmado y menos inflamatorio ¹. En una línea celular indicadora, la bacteria en sí no le hizo nada a la actividad de NF-κB impulsada por IL‑1β, pero su sobrenadante sin células la abolió. Darles a ratones la bacteria viva o su sobrenadante redujo de forma marcada la gravedad de una colitis inducida por sustancias químicas ¹. Dicho de otro modo, parte del efecto antiinflamatorio es una molécula que el organismo segrega, no el organismo. Más tarde se identificó una de esas moléculas en ese sobrenadante: una proteína de 15 kDa llamada MAM —molécula microbiana antiinflamatoria— que, expresada en células epiteliales intestinales, redujo la activación de NF-κB y que previno la colitis inducida químicamente en ratones cuando se administró mediante un Lactococcus lactis de grado alimentario ⁶.

Un estudio de 2017 que aisló cepas nuevas de voluntarios sanos agregó un vínculo útil: entre esos aislados, la producción de butirato se correlacionaba con la capacidad de inducir IL‑10 ⁸. Combustible y calma quizá no sean dos historias distintas.

Qué hace contra nosotros, y dónde se acaba la prueba

Ahora la parte que suele quedarse fuera de la infografía. No es daño —nada de lo citado aquí muestra que ataque a una persona sana—, sino los cuatro puntos en los que la historia es más floja que la etiqueta.

La evidencia humana es asociativa. Los datos humanos de Sokol son observacionales; el trabajo causal son líneas celulares y ratones ¹. Que una bajada acompañe a una enfermedad no es lo mismo que que la cause, y esta especie baja en una larga lista de trastornos, que es justo lo que cabría esperar de un organismo frágil que responde a la enfermedad en general.

Y es frágil, lo que corta por los dos lados. Como no tolera el oxígeno ³, cualquier cosa que deje llegar oxígeno a la luz del colon la elimina. Un estudio de 2016 sobre la microbiota fecal en la infección por VIH encontró F. prausnitzii críticamente menos abundante que en los controles, en una comunidad que se había desplazado con claridad hacia especies tolerantes al oxígeno: el 80,8 % de las especies enriquecidas en el grupo con VIH eran aerotolerantes (42 de 52), frente al 16,1 % de las enriquecidas en el grupo control (14 de 87) ⁷. Ese es el retrato de un intestino dañado y oxigenado, y la anaerobia que falta es, plausiblemente, la consecuencia. Lee un valor bajo como una señal, no como un veredicto.

El nombre de la etiqueta promete más de lo que da. Los aislados de esta especie que vienen de personas sanas se diferencian entre sí en la producción de enzimas, la resistencia a antibióticos y las propiedades inmunomoduladoras: los efectos dependen de la cepa, y los autores describen sus cepas como candidatas a probiótico de nueva generación, no como uno probado ⁸.

Y es una máquina metabólica, no un beneficio. Junto al butirato y el formiato, las cuatro cepas de la descripción original produjeron D-lactato en lugar de L-lactato ³. Una bacteria tiene productos de salida; nosotros elegimos a cuál llamarle el objetivo.

Lo que ninguno de los trabajos citados aquí demuestra es que subir a propósito F. prausnitzii —por el medio que sea— haga que una persona esté más sana. Ese es el ensayo que hay que pedir.

El nombre no para de moverse

Se describió como Fusobacterium prausnitzii. En 2002, Sylvia Duncan y sus colegas demostraron por secuenciación del ARNr 16S que estas cepas solo están lejanamente emparentadas con Fusobacterium en sentido estricto y que pertenecen más bien al grupo IV de Clostridium, y propusieron un género nuevo: Faecalibacterium, con Faecalibacterium prausnitzii como especie tipo y la cepa ATCC 27768 como cepa tipo ³. Fusobacterium prausnitzii es el sinónimo que seguirás encontrando en trabajos viejos.

Después volvió a moverse. En 2022, un reexamen basado en genomas dividió el grupo: se propusieron tres especies nuevas, y la cepa A2-165 —el caballo de batalla de buena parte de la literatura antiinflamatoria de más arriba— pasó a ser la cepa tipo de Faecalibacterium duncaniae ⁴. El género no ha dejado de crecer desde entonces; Faecalibacterium taiwanense se describió a partir de heces humanas en 2024 ⁹.

Esto no es pedantería. Significa que buena parte de lo publicado bajo las palabras F. prausnitzii describe un organismo que hoy tiene otro nombre, y que cualquier prueba o producto que cite la especie debe leerse con eso en mente.

El resumen honesto

La bacteria más abundante de un colon sano es una anaerobia que muere en el aire, alimenta la mucosa intestinal con el combustible que esa mucosa prefiere, segrega algo que calma una señal inflamatoria, desaparece cuando el intestino se inflama y fue renombrada dos veces mientras la estudiábamos. Cada una de esas frases tiene un trabajo detrás. La frase de que te va a poner bien, no. Todavía.